Паддингтон продолжает жить у семьи Браун и получает свой официальный паспорт Великобритании. Его признают родные, друзья, соседи, а теперь ещё и государство. В дом Браунов приходит письмо из Приюта престарелых медведей в Перу. Паддингтон понимает, что тётя Люси скучает по нему, и вместе с Браунами летит в другую страну, чтобы навестить её. Их воссоединение не случается из-за пропажи тёти Люси, и все герои отправляются на её поиски. На своём пути они встречают харизматичного капитана корабля, которого сыграл Антонио Бандерас, вместе с его отважной дочерью. Они соглашаются доставить Паддингтона и компанию к загадочной скале, откуда, по легенде, можно добраться до забытого Эльдорадо.